新疆农垦科学院棉花研究所是兵团直属的棉花专业科研单位，1996年10月成立。学科包括农学、生物技术、植保、计算机应用等专业。

下设抗病育种研究室、综合育种研究室、转基因棉育种研究室、栽培研究室、植保研究室和生物技术实验室、生理生化实验室、纤维检验室、种子质量检验室、良种棉加工厂等。

新疆农垦科学院棉花研究所以应用研究和应用基础研究为主，主要针对西北内陆棉区开展棉花育种、良繁、栽培、植保、信息农业、技术咨询服务、技术培训和科技开发等工作。先后承担国家部委及兵团等各级各类科研项目300余项。先后有27项科技成果获国家科技进步奖、农业部农牧渔业丰收奖、新疆维吾尔自治区、新疆兵团、新疆农垦科学院科技进步奖等奖励。培育了各类型新品种26个。发表论文300余篇，出版专著9部，获得专利30余项。